接續(xù)前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰(zhàn)，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 維修組員中條義人在八王子基地負責(zé)修復(fù)機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現(xiàn)在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴(yán)重的錯誤，如果出動機龍，摩斯拉就會變成人類的敵人。於是信一設(shè)法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐，希望能中止機龍的計劃。但就在此時，太平洋又出現(xiàn)哥吉拉的影蹤…